Những ngày đầu, đại đa số các NĐT đều chọn phương án đóng thuế theo mức trích 0,1% trên giá chuyển nhượng. Theo ông Võ Hữu Tuấn, Giám đốc chi nhánh Công ty Chứng khoán Bảo Việt (BVSC), cách nộp này ban đầu tạo thuận lợi cho cả công ty lẫn NĐT do NĐT không cần phải lưu lại giấy tờ sổ sách để cuối năm quyết toán thuế. Bên cạnh đó, số lượng NĐT đăng ký mã số thuế ở BVSC vẫn còn rất ít nên công ty tạm tính thuế trên tài khoản của NĐT.

Nhà đầu tư còn chọn cách tính thuế 0,1% trên giá chuyển nhượng mà không chọn 20% vì ngại thủ tục, và hơn nữa, có một số chứng khoán không chứng minh được giá gốc. Anh Võ Anh Hải, NĐT tại SBS cho biết: "Cách tính này giúp xong giao dịch nào giải quyết dứt điểm luôn, không cần lưu lại hồ sơ giấy tờ trong cả năm và thực hiện quyết toán rắc rối vào cuối năm”. Một cán bộ Cục Thuế TP.HCM cũng thừa nhận, nếu chọn hình thức đóng thuế 0,1% trên giá trị chuyển nhượng thì xem ra khá dễ dàng, thuận tiện cho người nộp thuế và cho cả cơ quan thuế. Tại một số công ty chứng khoán (CTCK) mà chúng tôi khảo sát có đến 80% NĐT chọn hình thức đóng thuế trên.

Tuy nhiên, sau vài ngày thì nhiều NĐT đã cân nhắc lại mức nộp thuế. Theo quy định, nếu nộp theo hình thức chịu thuế suất 20% tổng thu nhập (mua bán chứng khoán có lãi) thì cuối năm mới quyết toán, nhưng nhà đầu tư phải tạm nộp theo thuế suất 0,1% trên giá chuyển nhượng. Nếu tính cả năm mà đầu tư lỗ thì nhà đầu tư không phải chịu thuế. Phòng Tuyên truyền Cục Thuế TP.HCM khuyến cáo: Nếu nhà đầu tư nào đã mua cổ phiếu từ trước ngày 1/1/2009 mà giá cổ phiếu đã giảm, có khả năng lỗ thì nên chọn hình thức đóng thuế 20% trên tổng thu nhập chịu thuế.

Cục Thuế TP.HCM cũng lưu ý các trường hợp đăng ký nộp theo phương thức 20% phải có mã số thuế để cơ quan thuế nắm được số thuế công ty chứng khoán đã tạm khấu trừ, trên cơ sở đó cuối năm quyết toán thuế. Cách tính và nộp thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ 20% thu nhập ròng phù hợp và thuận lợi hơn đối với NĐT kinh doanh chứng khoán có danh mục đầu tư lớn, giao dịch nhiều, liên tục. Trong trường hợp gặp thiên tai, bệnh tật, thua lỗ..., NĐT nộp thuế theo cách này còn được cơ quan thuế xem xét để giảm trừ. Ông Trần Minh Anh, NĐT tại sàn SSI, cho biết: “Nếu nộp 0,1% trên giá trị chuyển nhượng thì với doanh số giao dịch hàng chục tỷ/năm cũng không phải là nhỏ, chưa kể khi lỗ mình phải chịu. SSI đang tư vấn cho tôi nộp theo mức 20% trên lợi nhuận và tôi thấy có lợi hơn”.

Nhưng do chưa có hướng dẫn cụ thể trong những ngày đầu nên không chỉ người nộp thuế mà các công ty chứng khoán cũng lúng túng. Ông Huỳnh Anh Tuấn, Tổng giám đốc CTCK SJC cho biết, các công ty chứng khoán chưa được ủy quyền nhận đăng ký phương án nộp thuế từ cơ quan thuế. Do vậy, trước mắt các công ty này tạm khấu trừ 0,1%, trường hợp NĐT đề xuất phương án nộp 20% trên chênh lệch (giá bán trừ giá mua) thì công ty chứng khoán sẽ ghi nhận lại. Ngoài thủ tục khá nhiêu khê, NĐT muốn nộp thuế theo chênh lệch giữa giá mua và giá bán nhưng lại không biết đăng ký ở đâu. Cục Thuế TP.HCM cho biết, lý do là phương thức 20% đòi hỏi phải có sổ sách kế toán để xác định giá mua, giá bán... trong khi thực tế rất khó xác định lời lỗ, nhất là trường hợp NĐT mua cùng một loại cổ phiếu tại nhiều mức giá khác nhau sau đó bán đi.

Nhận định về hai cách tính thuế trên, TS. Lê Đạt Chí (Đại học Kinh tế TP.HCM) nói: “Cách tính và nộp thuế thu nhập cá nhân theo tỷ lệ ấn định 0,1% có đặc điểm là nhanh, thuận lợi, NĐT không phải mất nhiều thời gian kê khai, quyết toán thuế. Cách này tạo sự đơn giản về thủ tục, nhưng chưa thực sự thể hiện đúng bản chất của việc tính thuế Thu nhập cá nhân và có thể gây ảnh hưởng tâm lý nếu NĐT kinh doanh chứng khoán bị lỗ mà vẫn phải tính và nộp thuế”.

Trước những vướng mắc trên, Cục Thuế TP.HCM đề nghị Tổng cục Thuế cho phép NĐT đăng ký cách tính thuế đến ngày 31/3/2010 và nhiều khả năng đề nghị này được chấp thuận. Do hằng năm NĐT chỉ được một lần đăng ký cách tính thuế nên đây có lẽ là khoảng thời gian cần thiết để NĐT cân nhắc chọn cách nào có lợi nhất cho mình.